尼爾斯是一個被皮、淘氣的男孩。他因為沒有實現對小孤仙的諾言，所以被小孤仙變成了一個姆指大小的小人。由於他經常欺負動物，所以被麻雀、公雞嘲笑、被貓捉弄，被三頭牛青罵和教訓，而且沒有動物願意幫助他。當他看到雄鵝馬丁要飛去時，由於怕父母傷心於是他爬上鵝背，不小心被鵝帶上了天從此，開啟了一段奇妙的最險之旅。
尼爾斯被馬丁帶上天后一直跟隨著領頭雁阿卡和雁群句南了。起初，阿卡因為民惡人類所以對尼爾斯很排我，想讓他離開雁群，
當施群飛到格里敏大樓時，他們看到友老自想要像襲黑老鼠並試圖佔領他們的谷堆，於是，尼爾斯決定幫助一下黑老鼠。他吹著哨子引開了灰老鼠，把它們帶到了高谷堆很遠的地方。從此，阿卡對尼爾斯有了一些好感，一天，尼爾斯和雁群們被邀請去參加“鶴之舞表演大會”，舞會當天，正當動物們沉浸在歡樂的氣氛中時，意外發生了，壞狐狸斯密爾殺掉雁群試圖殺掉一隻大雁。於是，尼爾斯救下了大雁，並讓斯密爾受到了懲罰。因此，阿卡對尼爾斯的態度又有轉變，漸漸地他們成為形影不離的夥伴。
孤理斯密爾因為舞會上的事與雁群產生了仇恨，所以常常偷襲雁群，而每次尼爾斯都勇敢機智地打敗了斯密爾而當尼爾斯遇難時大雁們也不顧一切地去救尼爾斯。
經過了八個多月的冒險，尼爾斯不斷成長，變得聰明機智、勇敢，懂懂得了愛護動物。
終幹，尼爾斯再次回到了家中，而家中的動物們也不再嘲笑、捉弄、責罵他了，而是都對他表示友好。雖然地變小了但也為家裡做了許多事。但當他母親要殺馬丁時尼爾斯想要阻上母親，救出馬下。而在這一瞬間他突然變回原來的大小，與家人團聚。
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